Im Gegensatz beispielsweise zum Knollenblätterpilz, der schon in geringer Dosis zu tödlicher Vergiftung führt, ist der Fliegenpilz eher harmlos. Ein gesunder erwachsener Mensch müsste schon eine komplette Mahlzeit zu sich nehmen, die aus mindestens einem Kilogramm Frischpilzen bereitet wurde, um in Lebensgefahr zu geraten. Doch Gift bedeutet nicht immer nur Tod. Was also kann er noch?
Manche Quellen berichten zwar von Todesfällen, diese gelten jedoch als sehr selten und zumindest oft als umstritten. Ein Problem hierbei ist, dass sich die Todesursache oft nicht genau auf den Konsum des Fliegenpilzes zurückführen lässt. In den meisten Fällen ist die Genesung jedoch nach einem Tag praktisch abgeschlossen. Auch wenn die meisten Vergiftungsfälle beim Menschen keine Nebenwirkungen zeigen, gilt trotzdem absolute Vorsicht. Denn ein regelmäßiger Verzehr von Fliegenpilzen wäre wahrscheinlich schädlich. Bei Nagetieren, die mit Ibotensäure und Muscimol behandelt wurden, kam es zum Teil zu Schlaganfällen.