Der Fliegenpilz bildet seine Hüte vom Sommer bis in den Herbst und bevorzugt als Standort Nadel- und Laubwälder, wobei er besonders oft in der Nähe von Birken und Fichten zu finden ist, selten unter anderen Bäumen, mit denen er eine Symbiose (Lebensgemeinschaft) in Form einer Mykorrhiza eingeht. Die fadenförmigen unterirdisch wachsenden Zellen der Pilze (Hyphen) umwachsen das Feinwurzelsystem der Bäume. Eine sehr lohnende Symbiose – siehe „Mögen Sie ein paar Fakten?“

Fliegenpilze wachsen auch in städtischen Gebieten, beispielsweise in Parks, auf Friedhöfen oder in Gärten, jedoch nie ohne ihre Baum-Partner.

Der Fliegenpilz bevorzugt saure Böden und ist hauptsächlich zu finden in der nördlichen gemäßigte Klimazone, also Nordamerika, Nordasien und Nordeuropa, doch auch auf Island und in gebirgigen Regionen subtropischer Klimazonen.