Verschwinden Fliegenpilze aus unseren Wäldern, sind zuerst ihre Partner-Bäume betroffen: Sie verlieren einen wichtigen Nährstoff- und Wasserlieferanten. Daneben sind Pilze mit ihrem riesigen unterirdischen Pilzgeflecht auch für die Bodenstabilität sehr wichtig. Studien zeigen, dass Erdrutsche in Böden mit starken Pilzgeflechten deutlich seltener vorkommen. Und auch wenn der Fliegenpilz für Menschen giftig ist, ist er für einige Waldbewohner eine wichtige Nahrungsquelle. Schnecken oder die Maden von Fliegen (womit sich ein weiterer Grund für die Namensgebung „Fliegenpilz“ erschließt) würden ohne Fliegenpilze einen Teil ihres Speiseplans verlieren.

Wer Fliegenpilze unterstützen will, muss die Gesundheit von Bäumen fördern. Da sie miteinander in einer Partnerschaft leben, haben gesunde Bäume auch einen positiven Einfluss auf Pilze. Da viele Pilze auf einen oder wenige Bäume spezialisiert sind, ist es zudem wichtig, dass Mischwälder mit verschiedensten Baumarten gefördert werden.

Studien zeigen, dass ein erhöhter Stickstoffgehalt in Wäldern zu einer Abnahme von Pilzen führt, die mit Bäumen in Gemeinschaft leben. Bei hohen Stickstoffkonzentrationen bilden diese Pilze weniger Fruchtkörper und auch ihr Mycel verkleinert sich. Mit Bäumen können sie sich dadurch nur noch begrenzt vernetzten. Verschwinden die Partner-Bäume, kann der Pilz unterirdisch noch lange weiterleben. Er bildet jedoch keinen Fruchtkörper mehr. So ist auch der Fliegenpilz für sein langfristiges Überleben auf Bäume angewiesen.